Pojavom probiotika koji se prodaju kao zdravstveni dodaci, postalo je uobičajeno da bakterije u crijevnom traktu nazivaju "dobrim" bakterijama ili "lošim" bakterijama. Prosječna osoba domaćin je oko 100 trilijuna bakterija u crijevima, prema obiteljskom vodiču za zdravlje Medicinskog fakulteta Harvard. "Dobre" bakterije obavljaju niz potrebnih funkcija u crijevnom traktu. Neke „loše“ bakterije ne uzrokuju probleme sve dok njihov broj ostane nizak, ali mogu vas razboljeti ako se množe ili putuju u druge dijelove vašeg tijela.
Pobijedivši loše bakterije
Dobre bakterije pomažu u tome da se loše bakterije ne umnožavaju i uzrokuju bolest na nekoliko načina. Koriste hranjive tvari kako loše bakterije nemaju pristup njima. Laktobacili, koji se nalaze uglavnom u tankom crijevu, i bifidobakterije, koje se nalaze uglavnom u debelom crijevu, održavaju kiselo okruženje u crijevima stvarajući mliječnu kiselinu, hidrogen peroksid i octenu kiselinu. Kiselo okruženje obeshrabruje rast loših bakterija. Dobre bakterije također jačaju sluzokožno tkivo koje graniči unutrašnjost crijeva, čineći toksinima teže da zadrže vrh i ponovo se nastane.
Digestiranje hranjivih sastojaka
Razgradnja hrane ovisi o djelovanju dobrih bakterija, koje razgrađuju složene šećere, proteine i masti kako bi vaše tijelo moglo apsorbirati njihovu energiju. Laktobacili, dominantni mikroorganizmi koji se nalaze u tankom crijevu, razgrađuju proteine kao i laktozu, koja se nalazi u mliječnim proizvodima, i kolesterol za apsorpciju.
Sintetiziranje vitamina
Neke bakterije sintetiziraju i vitamine. Lactobacillus acidophilus proizvodi vitamin K. Bakterije mliječne kiseline proizvode neke vitamine B-kompleksa, dok bakterije enterola stvaraju vitamin B-12.
Pomaganje imunološkog sustava
Dobre bakterije igraju snažnu ulogu u podršci imunološkog sustava. Jedna vrsta Lactobacillus, L. caseii, proizvodi bakteriocine, spojeve koji ograničavaju rast štetnih bakterija u tankom crijevu. Dobre bakterije povećavaju bijele krvne stanice zvane T-stanice, koje pomažu u odgovoru imunološkog sustava na štetne bakterije. Pregled dostupnih studija koje je provela Veteranska uprava Puget Sound Health Care System i objavljen u broju za "Američki časopis za gastroenterologiju" za travanj 2006., utvrdio je da uzimanje probiotika, koji se sastoje od "dobrih" bakterija, može skratiti trajanje proljeva nakon primjena antibiotika i kod infekcija Clostridium difficile.